Das Jahr 5012. Die plötzliche Invasion der Erde aus der Luft durch Außerirdische und ihre Schöpfungen, die maschinellen Lebensformen, hat die Menschheit an den Rand der Ausrottung gebracht. Die überlebenden Menschen, die auf dem Mond Zuflucht gefunden haben, organisieren mit Hilfe von Androiden-Soldaten einen Gegenangriff, um die Erde zurückzuerobern. Der Krieg gerät jedoch ins Stocken, da sich die maschinellen Lebensformen unaufhörlich vermehren. Im Gegenzug setzt die Menschheit eine neue Einheit von Androiden-Soldaten als ultimative Waffe ein: YoRHa Neu zur Erde entsandt, schließt sich 2B dem dort stationierten Analytiker 9S an, wo sie inmitten ihrer Mission auf eine Vielzahl mysteriöser Phänomene stoßen... Dies ist die Geschichte dieser leblosen Androiden und ihres endlosen Kampfes für die Menschheit.